Sächsischer Inkubator für klinische Translation (SIKT)  

Bildanalyse und Datenauswertung

Karsten Winter

Den Wissenschaftlern am SIKT steht professionelle Hilfe bei der Auswertung ihrer Experimentaldaten zur Verfügung. Dies beinhaltet, angefangen von der Akquisition, über die Analyse, bis hin zur Quantifizierung, statistischen Auswertung und Visualisierung, alle Schritte um objektive Experimentalergebnisse sicherzustellen.

Die Datenanalysegruppe hat langjährige Erfahrung mit unterschiedlichsten Bildmodalitäten, wie Hellfeldmikroskopie, optische Kohärenztomografie, konfokale Lasermikroskopie, Magnetresonanztomografie oder Computertomografie. Auf Basis dieser Daten entwickelt die Gruppe angepasste Algorithmen zur Analyse, welche dann benutzt werden um den Wissenschaftlern harte Fakten, statistische Auswertungen und Visualisierungen ihrer Experimente zur Verfügung zu stellen.

Die Expertise der Gruppe umfasst unter anderem:

• Digitalisierung von histologischen Schnitten mit dem 3DHistech Pannoramic Scan. Dabei können Schnitte in voller Größe mit einer Auflösung von maximal 40x gescannt werden
• Beratung in Bezug auf Experimentaldesign, Datenakquise, optimale Aufnahmebedingungen, Datenformate und statistische Auswertung
• Verbesserung der Qualität von verrauschten Daten · Analyse und Quantifizierung von Daten, Bildern und Bildserien
• Bild- und Datensegmentierung und -klassifikation
• Visualisierung von Ergebnissen und statistische Auswertung
• Entwicklung von speziellen Analysealgorithmen
• Wissenschaftliche Veröffentlichung von Ergebnissen

Zur Entwicklung von Algorithmen arbeitet die Gruppe vor allem mit Wolfram Mathematica, Java, SPSS, R und MATLAB/SPM. Zur Erstellung von Visualisierungen und publikationsreifen Abbildungen wird dabei auf die Adobe Creative Suite, GIMP, Inkscape, Blender und LateX zurückgegriffen.